Риннеган существовал с начала всего и считается источником всех Ниндзюцу. Он описывается как божье создание, посланное миру с небес, когда тот вяз во тьме и хаосе. Носитель этих глаз может стать творцом, который принесёт миру спокойствие, или же разрушителем, который уничтожит мир.
Отсутсуки Хагоромо, первый человек, рождённый с чакрой и прославившийся как Рикудо Сеннин, владел этим Додзюцу. Из-за мифического качества Сеннина, Риннеган долгое время считался легендой, или мутацией.
Когда Шиноби объединяет в себе чакры сыновей Сеннина, Асуры и Индры, он пробуждает Риннеган. Так поступил Учиха Мадара, который, будучи реинкарнацией Индры, обладал его чакрой и, благодаря ДНК Сенджу Хаширамы, реинкарнации Асуры, получил нужную чакру. Незадолго до своей смерти, Мадара передал свои глаза юному Нагато, потомку Сенджу. После смерти Нагато, Учиха Обито похищает его глаза и заменяет потерянный левый Риннеганом. После воскрешения Мадары в четвёртой мировой войне, Широ Зетсу приносит ему правый Риннеган, левый же остаётся у Обито. Благодаря многолетним исследованиям, Орочимару и Якуши Кабуто установили гипотезу, по которой Риннеган может быть развит из Шарингана. Поэтому Кабуто называет его пиком Шарингана. Это подтверждается Учиха Мадарой и его деяниями в четвёртой мировой войне. После призыва Эдо Тенсей, он в состоянии переключиться с Мангекё Шарингана на Риннеган. Кроме того он использует Сусаноо, технику Мангекё Шарингана, Риннеганами. Согласно Сон Гоку, созданные с помощью Эдо Тенсей Риннеганы слабее подлинных. Так, Учиха Мадара, возрождённый с помощью Эдо Тенсей и имея Риннеганы в обоих глазах, не может призывать Гедо Мазо и использовать Ринбо: Хенгоку. Учиха Саске также пробуждает Риннеган в левом глазу после встречи с Рикудо Сеннином. Этот Риннеган имеет типичные для Шарингана Томое. По какой причине у его Риннегана присутствуют Томое, а Хагоромо ранее назвал этот глаз Шаринганом пока неизвестно.