Usopp,слепота действует на всю карту.После того как взрыв был произведен, а это значит и слепота. Шисуи использовал Шуншин.И воткнул кунаи прямо в сердце Какаши.И при этом вырвав ему глаза.
Смотри,если даже там был клон,то Шисуи бы все ровно различил бы их.И это было бы глупо атаковать не оригинала.И я в 5 ходу обозначил что воздействовал на Какаши,именно на Какаши.А не на его клона.