Мустанг вместе с Оливией решают устроить государственный переворот. Эдвард, Жадность и телохранители Линя вступают в стычку с Обжорством, однако Обжорство поглощает Гордыня. Наступает утро Условленного дня. Эдвард и его союзники уничтожают гомункулов Зависть, Лень, Гнева и Гордыню, а Гогенхейм пытается сразиться с Отцом, но Отец захватывает Гогенхейма, Эдварда, Альфонса, Идзуми и заставляет Мустанга совершить человеческое преобразование, из-за чего тот теряет зрение. Эти пять алхимиков совершали человеческое преобразование и являются «ценными жертвами», необходимыми для круга трансмутации философского камня. Все войны, которые вёл Аместрис на своей территории, в том числе и геноцид в Ишваре, также были подчинены этой же цели. Отец преобразовывает всё население Аместриса и поглощает Бога, обретя его могущество, однако из-за того, что Гогенхейм заранее оставил части своего философского камня на участках алхимического круга, договорившись с каждой из его душ, и создал свой, использующий принципы алкагестии, происходит обратная трансмутация, вернувшая души аместрийцев обратно в их тела. В результате Отец теряет контроль над Богом. Во время битвы с Отцом уничтожена механическая рука Эдварда, и Альфонс возвращает Истине свою душу, чтобы вернуть Эдварду правую руку. Во время битвы душа Жадности жертвует собой, чтобы сделать Отца уязвимым, в результате чего Линь перестаёт быть гомункулом. Эдвард уничтожает Отца, а затем жертвует Истине свои Врата, позволяющие ему пользоваться алхимией, чтобы вернуть Альфонса в его настоящем теле. Истина признаёт своё поражение перед Эдвардом и подчиняется ему, и Альфонс вновь оживает. Гогенхейм возвращается в Ризембург и мирно умирает перед могилой Триши. Через некоторое время Элрики также возвращаются в свой родной город, где их встречает Винри. Два года спустя после победы над Отцом братья разделяются и отправляются в путешествие, чтобы помочь всем тем, кто помог им в их путешествиях. В эпилоге показано, что Эдвард и Винри поженились и имеют двоих детей