Будучи редким обладателем Улучшенного Генома своего клана, Шикотсумьяку, Кимимаро наводил страх на весь клан своими способностями, поэтому его все время держали запертым в клетке, пока он не был нужен для битв. Клан Кагуя полностью вырезали во время их атаки на Киригакуре, совершенной, по-видимому, без какой-либо причины, кроме разве что желания убивать и показывать свою кровожадность. Недооценив оборону противника, все они были убиты до единого, последним выжившим оказался Кимимаро. Скитаясь в округе, Кимимаро в конце-концов встретил Орочимару и присоединился к нему как один из самых лояльных его ниндзя[3][4]. Во время службы Орочимару Кимимаро наконец нашел цель в своей жизни, так как стремился обеспечить будущее желаний и амбиций своего мастера. Хотя Орочимару взял его под свое крыло лишь в качестве одного из будущих сосудов для себя, Кимимаро не возражал подобной судьбе, ведь для него это означало также помощь своему мастеру. Вскоре после этого Кимимаро встретился с Джуго, безумцем, внутри которого Кимимаро почувствовал родственную душу. Дружба Кимимаро и Джуго привела к тому, что в результате первый получил проклятую печать, которую Орочимару создал благодаря исследованиям над вторым, его в свою очередь уговорил участвовать в экспериментах Кимимаро в надежде, что это поможет его состоянию. С новообретённой силой Кимимаро победил всех членов Четверки Звука в одиночку, чтобы стать ее новым лидером и превратить в Пятерку. Тем не менее, еще перед появлением в сюжете Кимимаро заразился неизвестной болезнью, которая уничтожила всю его оставшуюся ценность для Орочимару. Кабуто Якуши пытался лечить Кимимаро, однако безрезультатно, в связи с его уникальной структурой тела и нехваткой медицинской информации о его клане. Кимимаро остался прикованным к постели, чтобы продлить свою неустойчивую жизнь, не в силах участвовать в событиях Уничтожения Конохи, что, по словам Кабуто, было одним из главных факторов их поражения и отступления.
В аниме было показано, что Кимимаро выступал в качестве герольда для кланов шиноби в Стране Звука, таким как клан Фума, с целью заставить их поклясться в верности Орочимару[5]. Также оказалось, что Кимимаро участвовал во многих схемах своего мастера. По-видимому, он нес ответственность за убийство шиноби Кусагакуре, чтобы Орочимару мог внедриться под личиной Шиоре. Примерно в это время он начал кашлять кровью, но решил игнорировать это. Тем не менее, во время участия в убийстве Четвертого Казекаге и его телохранителей, после которого Орочимару и Четверка Звука должны были выдать их из себя, болезнь Кимимаро проявляется в полной мере. Его отсылают обратно в Отогакуре, где Кабуто размещает его под интенсивным медицинским наблюдением, чтобы поддерживать в нем жизнь как можно дольше. Услышав, что его пошатнувшееся здоровье вызвало потерю всякой пользы для Орочимару, Кимимаро начал тихо плакать из-за того, что утратил цель существования.