Ямато является очень сдержанным, осторожным, внимательным и хорошо подготовленным ко всем ситуациям человеком. Обычно он крайне спокойный и миролюбивый человек, что было неоднократно показано при его появлениях. Также Ямато большой поклонник архитектуры, что заметно по домам, которые он создаёт. Скорее всего, его увлечение связано с собственным Кеккей Генкай, так как после уничтожения Конохи он был одним из тех, кто воссоздавал дома жителей деревни, и единственным, способным за раз восстановить целую улицу. Кроме того, он ненавидит конфликты и, по его словам, всегда стремится поддерживать мирную обстановку в команде.
Другой отличительной чертой Ямато является его способность пугать людей, подсвечивая своё лицо снизу фонариком, что было неоднократно показано на примере Узумаки Наруто. По словам самого Наруто, Ямато управляет людьми с помощью страха. Однако он не склонен к жестоким шуткам, как это было показано во время тренировок Наруто с Киллером Би. Из этих же тренировок можно сделать вывод, что Ямато крайне нетерпелив и не любит когда его не вводят в курс дела. Ямато представлен как молодой человек высокого роста. У него довольно бледная кожа. Его волосы имеют каштановый оттенок. Глаза у Ямато черные и довольно большие. У него маска, идентичная с маской Нидайме Хокаге, в котором находится протектор Конохи. Во время своего дебюта он был одет в стандартную одежду Анбу Конохи, состоящую из серого бронежилета и подлокотников того же цвета, темно-синих штанов, длинных черных сандалий и маски, узор которой напоминает лицо животного. Также за спиной у него находился обычный меч. Во время миссий Ямато носит куртку Чунина и длинный синий костюм, как и все Шиноби его родной деревни.
Вскоре после рождения Ямато был похищен Орочимару, с целью стать предметом его жестоких опытов, подобно другим похищенным саннином детям. Орочимару ввел ДНК Шодай Хокаге в тело мальчика в надежде, что он сможет воспроизвести Мокутон, прославивший Хашираму. Хотя другие подопытные погибли, Ямато выжил. Не зная об этом, Орочимару прекратил эксперимент и вскоре после раскрытия сбежал.
Ямато все же стал Шиноби. Он окончил Академию Ниндзя в 6 лет и в этом же возрасте был повышен до звания Чунина. Позже он в неизвестно время стал Анбу и служил под началом Хатаке Какаши.
Ямато — член Анбу Конохагакуре и бывший напарник Хатаке Какаши. Он должен был стать временным лидером команды Какаши во время его отсутствия, но продолжает работу с командой.