Узумаки Нагато стал сиротой после того, как ниндзя из Скрытого Листа расправились с его семьёй. Гонимый отовсюду, он встретился с таким же сиротами – Яхико и Конан. В разгаре была мировая война, и детям требовалась опека. К счастью, на их пути возникли Легендарные Саннины. Один из них, Джирайя, решил остаться с детьми, чтобы научить их самообороне и основам выживания в этом жестоком мире. Именно благодаря тренировкам с Саннином, в Нагато раскрылся его истинный потенциал. Защищая Яхико, он, сам того не ведая, пробуждает самый редкий в мире вид глаз - глаза Мудреца Шести Путей - Риннеган, который, как позже оказалось, был неким «подарком» от Учихи Мадары. Когда дети достаточно окрепли, Джирайя покинул их.
Яхико, живущий мечтой о «мире во всём мире», создал организацию сопротивления, объединив множество единомышленников. Его идеалы разделял и Нагато. Однажды их «навещают» Обито, выдающий себя за Мадару, и Зецу, предлагая сотрудничество, но получают отказ. Позднее, во время сражения с Ханзо, Яхико жертвует собой ради спасения Конан. Нагато, охваченный яростью, использует призыв «Гедо Мазо» и «Призрачного Дракона». Этот день ознаменовал рождение 'Пейна.
Находясь в незавидном положении, Нагато всё же принимает предложение Обито и формирует полноценную организацию, цель которой – сбор Хвостатых. Обездвиженный, он использует шесть мёртвых тел (одно из которых является телом Яхико). Позже, в деревне Скрытого Дождя, коей ранее правил Ханзо Саламандра, убитый Нагато, объявляется Джирайя, и он намерен пресечь действия организации. Ему приходится вступить в неравный бой с шестью телами, управляемыми Нагато – Пейном, способности которого выходят за рамки понимания обычных шиноби. Бой оканчивается в пользу бывшего ученика.
Обито, понимая, что медлить нельзя, посылает Нагато и Конан захватить Джинчурики Девятихвостого. Действия Пейна приводят к тому, что Скрытый Лист превращается в огромную воронку, усеянную множеством трупов. Когда объявляется Узумаки Наруто, завязывается зрелищный бой, который оканчивается поражением всех шести тел. После разговора с Наруто, Нагато осознаёт свои ошибки и, используя «Ринне Тенсей», воскрешает всех убитых им шиноби ценой своей жизни.
Во время Четвёртой Мировой Войны, Якуши Кабуто призывает Нагато при помощи «Эдо Тенсей». Вместе с Учихой Итачи он сталкивается с Наруто и Би. Демонстрируя способности всех шести тел, Нагато становится опасным оппонентом в схватке, но Итачи удаётся запечатать его в мече Тоцука навеки. Душа Нагато обретает вечный покой.