Нагато представлен, как молодой человек среднего роста. У него довольно бледная кожа и красные волосы, символизирующие его отношение к клану Узумаки. В детстве, его волосы были длиннее, из-за чего полностью скрывали глаза Нагато. Спустя некоторое время, волосы стали скрывать только правую часть лица. Наиболее отличительной чертой лица Нагато являются его глаза, в которых находится Риннеган. Риннеган показан в виде глаз с серой оболочкой и несколькими окружностями. В подростковом возрасте, Нагато подверг себя использованию Кучиёсе: Гедо Мазо, что сильно истощило его тело и лицо.В спину Нагато были имплантированы гигантские Кокушины. Сам же Нагато потерял возможность двигаться. Он был помещен в специальную машину. Его руки были погружены в канистры, а тело — в древесную банку. После применения Гедо: Ринне Тенсей но Дзюцу, волосы Нагато становятся белыми.
В детстве, он носил серую футболку и шорты. На ногах были сандалии. После появления Джирайи, Нагато стал носить своего рода кимоно тёмного цвета. Позже, он был одет в стандартную одежду Акацки, в виде большого чёрного плаща с красными облаками.На ногах он стал носить сине-белые сандалии. Под плащом он носил тёмно-синюю рубашку и брюки того же цвета. На лбу он также носил протектор его родной деревни, позже — перечёркнутый. После истощения, Нагато перестал носить форму Акацки. Грудная область была открыта. В нижней части, на нём были одеты фиолетовые штаны. Позже, труп Нагато был снова облачен в форму Акацки. Во время Четвертой мировой войны, он, как и все воскресшие члены Акацки, стал носить чёрный плащ.
В детстве, Нагато был очень добрым и чувствительным мальчиком, не проявляя признаков агрессии. Он имел склонность к плачу, видя смерти других, и вспоминая счастливое детство. Он считал себя слабым, но всё равно, искренне мечтал защитить своих друзей. Во время убийства родителей, Нагато охватила вспышка гнева, и он уничтожил убийц мамы и папы. Узнав об идеалах своего лучшего друга, Яхико, он выразил желание стать "мостом", ведущим к ним.После смерти Яхико, сущность Нагато меняется в худшую сторону. Несмотря на то, что он решает продолжить дело Яхико, и принести мир на эту планету, для этой цели, он выбирает абсолютно другие методы. По словам самого Нагато, чтобы принести мир на планету, приходится идти на жертвы, а именно — уничтожение Джинчурики, Какурезато, и товарищей противников. Одержимый принести мир, Нагато провозглашает себя божеством, уничтожает Ханзо, и всю его семью, и в конечном итоге, захватывает Амегакуре под свой контроль, постоянно следя за жителями деревни. Также, он становится более бесчувственным, и забывает, что такое человеческие эмоции. По словам Намиказе Минато, Тоби воспользовался этими качествами, чтобы подчинить себе Нагато. Сам же он полностью подчиняется Обито, и следует всем его указаниям, слепо полагая, что Тоби воплотит его мечту в жизнь.
К членам организации Акацки Нагато относится весьма уважительно, и считает их своими товарищами, тем самым, проявляя более человеческие качества. После смерти Дейдары, он решил помянуть его. Также, он заткнул рот Кисаме, когда тот плохо отозвался о побеждённых Какузу и Хидане. После убийства Джирайи, он помянул своего бывшего учителя, и вознёс ему почести. Также, он почитает Хатаке Какаши, говоря, что встреча с ним — большая честь для него.
После встречи с Узумаки Наруто, Нагато проявляет эмоции гнева и злости, говоря, что тот понятия не имеет, что такое боль. После речи Наруто, Нагато осознаёт свои ошибки, и понимает, что был неправ. В качестве искупления своих грехов, он воскрешает всех убитых им жителей Конохи, и погибает с улыбкой на лице. После возрождения, он становится более весёлым, и даже пытается шутить. Перед запечатыванием, он благодарит Наруто за то, что тот спас его.
Узумаки Нагато стал сиротой после того, как ниндзя из Скрытого Листа расправились с его семьёй. Гонимый отовсюду, он встретился с таким же сиротами – Яхико и Конан. В разгаре была мировая война, и детям требовалась опека. К счастью, на их пути возникли Легендарные Саннины. Один из них, Джирайя, решил остаться с детьми, чтобы научить их самообороне и основам выживания в этом жестоком мире. Именно благодаря тренировкам с Саннином, в Нагато раскрылся его истинный потенциал. Защищая Яхико, он, сам того не ведая, пробуждает самый редкий в мире вид глаз - глаза Мудреца Шести Путей - Риннеган, который, как позже оказалось, был неким «подарком» от Учихи Мадары. Когда дети достаточно окрепли, Джирайя покинул их. Яхико, живущий мечтой о «мире во всём мире», создал организацию сопротивления, объединив множество единомышленников. Его идеалы разделял и Нагато. Однажды их «навещают» Обито, выдающий себя за Мадару, и Зецу, предлагая сотрудничество, но получают отказ. Позднее, во время сражения с Ханзо, Яхико жертвует собой ради спасения Конан. Нагато, охваченный яростью, использует призыв «Гедо Мазо» и «Призрачного Дракона». Этот день ознаменовал рождение 'Пейна.
Находясь в незавидном положении, Нагато всё же принимает предложение Обито и формирует полноценную организацию, цель которой – сбор Хвостатых. Обездвиженный, он использует шесть мёртвых тел (одно из которых является телом Яхико). Позже, в деревне Скрытого Дождя, коей ранее правил Ханзо Саламандра, убитый Нагато, объявляется Джирайя, и он намерен пресечь действия организации. Ему приходится вступить в неравный бой с шестью телами, управляемыми Нагато – Пейном, способности которого выходят за рамки понимания обычных шиноби. Бой оканчивается в пользу бывшего ученика.
Обито, понимая, что медлить нельзя, посылает Нагато и Конан захватить Джинчурики Девятихвостого. Действия Пейна приводят к тому, что Скрытый Лист превращается в огромную воронку, усеянную множеством трупов. Когда объявляется Узумаки Наруто, завязывается зрелищный бой, который оканчивается поражением всех шести тел. После разговора с Наруто, Нагато осознаёт свои ошибки и, используя «Ринне Тенсей», воскрешает всех убитых им шиноби ценой своей жизни. Во время Четвёртой Мировой Войны, Якуши Кабуто призывает Нагато при помощи «Эдо Тенсей». Вместе с Учихой Итачи он сталкивается с Наруто и Би. Демонстрируя способности всех шести тел, Нагато становится опасным оппонентом в схватке, но Итачи удаётся запечатать его в мече Тоцука навеки. Душа Нагато обретает вечный покой.
Каварими но Дзюцу ("Техника замены тела") - Техника, при которой пользователь меняет своё тело с телом животного или предметом, который принимает облик пользователя при помощи Хенге но Дзюцу.
Буншин но Дзюцу ("Техника деления тела") - Стандартная техникa, которой обучают уже в академии. При этой технике пользователь создает клонов самого себя.
Хенге но Дзюцу ("Техника перевоплощения") - Элементарное Ниндзюцу, с помощью которой можно превратить себя в другой объект.
Навануке но Дзюцу ("Техника освобождения от веревок") - Простейшее Ниндзюцу, которой должен владеть каждый Генин после окончания академии. С ее помощью, вывихнув суставы, можно освободиться от незамысловатого узла.
Рикудо но Дзюцу ("Техника шести путей") — техника Риннегана и источник семи способностей, которые получает пользователь.
Канчи но Дзюцу ( "Техника зондирования") — Ниндзюцу, которое используют люди, способные ощущать чакру. Используя эту технику, Сенсоры могут без труда отследить источник чакры и выявить его местоположение. Диапазон этой техники зависит от мастерства пользователя.
Фуиндзюцу: Генрью Кью Фуджин (, примерно "Техника печати: Печать девяти фантомных драконов") - техника, с помощью которой пользователь может абсорбировать Биджу.
Футон: Реппушо - техника, которой Нагато владел уже будучи ребенком. Техника создает порыв ветра, который увеличивает скорость метательного оружия.
Кучиёсе: Гедо Мазо ( "Призыв: Статуя еретического демона") - техника, которую Нагато впервые использует в битве против Ханзо. При этом призыве появляется статуя Гедо Мазо, которая призывается и при Фуиндзюцу: Генрью Кью Фуджин.
Шинра Тенсей (, примерно "Божественное покорение небес") позволяет пользователю изменять расстояние объектов.
Баншо Тенин (, примерно "Hебесное притягивание всех объектов") техника, похожая на Шинра Тенсей, однако с ее помощью можно притягивать к себе объекты.
Чибаку Тенсей ( "Земной взрыв небесная звезда") создает огромный шар, который втягивает в себя все окружающие его предметы, при чем втянутые люди остаются в нем.
Кучиёсе но Дзюцу (, "Техника призыва") пространственно-временное Ниндзюцу, с помощью которого можно призвать объекты или живые организмы, даже людей из отдаленного места к своему месту нахождения.
Кьюкон но Дзюцу (, "Техника поглощения души") — Ниндзюцу, которое можно использовать лишь при наличии Риннегана. При использовании этой техники, пользователь кладет руку на тело своей жертве а затем забирает его душу. После этого жертва умирает. При извлечении души, эта техника позволяет пользователю узнать необходимую информацию, известную жертве.
Шура но Ко ("Атака воинственного демона") — Ниндзюцу Нагато, при котором он создает в своем теле пушку, способную стрелять чакрой во всех направлениях.
С помощью Fujutsu Kyuin ( словесно "Техника печати, Печать поглощения") пользователь может поглощать Ниндзюцу.
Последствия этой безымянной техники не совсем известны, однако мы знаем, что пользователь может вызвать монстра, который съедает врагов и восстанавливает тела союзников.
Гедо: Ринне Тенсей но Дзюцу ( "Внешний путь: Техника реинкарнации небесной жизни") — Додзюцу Риннегана, используемое при помощи Гедо. С помощью этой техники пользователь может воскрешать мёртвых. Для этого, он призывает идентичное с Джигокудо существо. Оно открывает пасть и выпускает души умерших, которые летят ко всем безжизненным телам в округе, воскрешая их.
Дотон: Дорью Хеки ( "Высвобождение земли: Поднимающаяся землянная стена") — Ниндзюцу, использующая Дотон. Шиноби складывает печати, и создаёт стену из земли, которая защищает его от атак.
Суитон: Баку Суишоха ("Высвобождение воды: Разрывная волна воды") — техника Суитона, при которой пользователь изрыгает огромное количество воды, затапливая всё в округе.
Катон: Рьюка но Дзюцу ( "Высвобождение огня: Техника драконьего пламени") — Катонниндзюцу, при котором пользователь высвобождает снардя огня, который также может идти по тросу. То есть, после того как противник обмотан или попал ловушку связанную с тросами. Затем пользователь формирует различные печати, после чего леске идет огонь.
Техника Футона Нагато — при этом безымянном Дзюцу, Нагато преобразует Чакру в Футон и дает ей форму ветряных шаров. Затем он манипулирует этими шарами и направляет в цель на огромной скорости.
Лил проливной дождь. Помимо него Нагато не слышал не единого звука. Амегакуре затих. Нагато встал с кровати, в сегодняшний день он был весьма задумчив. Пройдя в двери которая была выходом из комнаты Нагато остановился. Узумаки посмотрел на горящую свечу потушил ее, уж после этого он решил открыть дверь. Медленными шагами он проходил через множество коридоров и комнат. Дойдя до огромной статуи головы он увидел конан которая парила под дождем без лишних движений. Сев на язык статуи Нагато стал говорить с Конан. Она сообщила ему о странном незнакомце который разгуливает по улицам деревни. Нагато на это ничего не ответил. Видимо великий шиноби уже знал его присутствие. Конан увидела 6 тел Пейна которые направились в разные стороны. Встречать противника отправилось тело призыва животных, так называемый Чикушодо. Нагато немного улыбнувшись спросил Конан: Ты же понимаешь кого нам следует убить?! Белый ангел промолчал и не стал отвечать на этот вопрос, немного повернув голову в сторону Нагато Конан улыбнулась от всей души и кивнула головой. Максимально распахнув крылья Конан улетела следить за ходом событий между телами Пейна и Джирайей.